由于空調冷卻水系統的結垢、腐蝕、藻類生長不是短時間內形成的，短時間內不會對系統產生破壞性影響，所以往往得不到運行管理人員的足夠重視。
另外，由于空調的冷卻水系統比較簡單，設計者不夠重視。而且冷卻水的處理與給排水和暖通都有關系，空調冷卻水系統多由暖通人員進行，難免先天設計不盡合理。在設計過程中，根據空調冷卻水系統結垢、腐蝕和細菌、藻類滋生的特點，其處理方法也與冷凍水系統不同。冷卻水的處理方法可分為化學方法和物理方法。
空調冷卻水系統除垢除銹化學方法:
目前大型冷卻水系統多采用化學方法，需要在冷卻水中加入阻垢劑、緩蝕劑、殺菌劑、除藻劑及其配套的清洗劑，從而形成一套完整的冷卻水處理技術。可供大型空調冷卻水處理設計參考。由于阻垢能保證傳熱效果(節能)，等級緩蝕劑和滅藻劑能減少設備腐蝕，延長設備壽命，都是正效益，因此因其對創造者的支持而被世人所贊賞。
國外水處理公司都把這項技術放在第一位。據報道，1987年，工業水處理劑(冷卻水部分)的銷售額為5.86億美元，1992年初，銷售額為7.65億美元，年增長率為6。近年來，隨著我國國民經濟的快速發展，水處理劑的研發也取得了很大的進展。
藥物治療:
這種方法較早用于熱水鍋爐和船臺水處理。近年來，這種方法也用于冷卻水系統，最常用的藥劑是固體結晶硅酸鹽涂層抑制劑。實踐證明，應注意以下幾點:不同的涂層劑要求不同的溶解溫度，對于加藥系統來說，水溫往往能達到溶解溫度，而對于加藥系統來說，要特別注意防止水溫過低，水溫過低會使涂層緩蝕劑溶解不好，影響緩蝕效果。
物理方法:
近年來得到了廣泛的應用。它運行成本低，使用方便，易于控制，無污染，是一種理想的水處理方法。其實早在20世紀60年代，國外就把注意力從化學方法轉移到了物理方法的發展上。目前應用的物理方法有磁力法、電解法、超聲波法、靜電法等。
電解法可以抑制水垢附著，但除垢不徹底，存在電解點蝕風險。早期應用的磁力法穩定性差，長期使用后無法控制水垢，必須定期清理控制器內堆積的氧化鐵。靜電法克服了上述方法的缺點，除防垢、溶垢外，還具有顯著的殺菌滅藻功效。
而靜電法和電子水處理法的緩蝕效果略低于專用化學緩蝕法，因此一般空調冷卻水系統可以不考慮其他緩蝕方法。但在一些對緩蝕要求較高的系統中，加入一些緩蝕劑可以獲得更好的效果。
